外科
对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂囊蒂扭转或囊内出血等并发症，进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据囊肿的大小部位和病人的全身情况和自觉症状而定。体检中偶尔发现的无症状的孤立性肝囊肿可以暂时采用保守治疗，利用超声检查定期观察需要警惕恶变的的发生。大的肝囊肿有症状出现者好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发并且带来细菌污染可能。多囊肝通常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏除非采用肝移植，否则不能根治本病。然而多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。可根据具体条件用以下手术方法：
1.肝切除术;
2.囊肿切除术;
3.囊肿开窗术或囊肿大部切除术;
4.囊肿内引流术;
5.囊肿穿刺抽液及硬化术
多囊肝的手术：除非病变局限于肝的一叶且伴有症状;或疑有恶变者，一般多不主张手术治疗。多囊肝当发现其中个别囊肿增大迅速压迫邻近脏器，严重影响病人日常生活或心肺功能时，可以对较大的囊肿进行反复穿刺抽液如果病人全身情况良好，肝功正常，也可作开窗术以减轻压力，缓解症状，促使肝细胞再生有条件者可进行肝移植，以彻底根治本病。
多囊肝合并多囊肾的治疗：多囊肝的治疗参照以上方案多囊肾没有症状时，可观察并定期复查肾功能。若出现症状(如腰痛血尿、高血压、肾功能衰竭等)则需要手术治疗，包括穿刺或切开囊肿，降低囊肿压力有时可以延缓病变的进展和肾功能衰竭，必要时进行透析疗法。根治的方法需要肾移植。
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